Perinteisesti mikrobeja ja niiden isäntäeliöitä, kuten eläimiä tai kasveja, on tutkittu erikseen. Todellisuudessa ne kuitenkin muodostavat biologisen kokonaisuuden, jossa eliöt vuorovaikuttavat monin tavoin. Tämä katsausartikkeli esittelee käsitteitä ja menetelmiä, jotka liittyvät kokonaisvaltaisempaan lähestymistapaan.